Tο Πανεπιστήμιο Κρήτης έχει περισσότερα από 50 χρόνια ζωής (δέχθηκε για πρώτη φορά φοιτητές το 1977). Κατά συνέπεια το μεγαλύτερο μέρος του αρχείου του είναι ενεργό και τηρείται στις υπηρεσίες του Πανεπιστημίου. Θα περιέλθει δε στο Ιστορικό Αρχείο αφού καταστεί ανενεργό, μετά την παρέλευση ορισμένου χρόνου που διαφοροποιείται ανάλογα με το είδος των εγγράφων. Εν τω μεταξύ το Ιστορικό Αρχείο έχει τη δυνατότητα να συλλέξει αρχειακό υλικό που αφορά το Πανεπιστήμιο Κρήτης αλλά δεν τηρείται συστηματικά ή δεν προέρχεται από τις υπηρεσίες του Πανεπιστημίου.